Před polovinou 16. století byla krajina dnešního Kryštofova Údolí oddělena od panství Lemberk a přenechána hraběti Mikulášovi II. z Donína na Grabštejně a později jeho synovi Kryštofovi z Donína. Tomu zřejmě Kryštofovo Údolí vděčí za své jméno.
Jméno Kryštof vzniklo z řeckého výrazu Christoforos, jehož význam etymologie vykládá jako Kristonoš, neboli ten, kdo přenáší Krista. Jedna z verzí praví, že se muž zklamaný světem vydal hledat Krista. Jako přenašeč poutníků přes dravou řeku přenesl jednou také malého chlapce, ve kterém na druhém břehu poznal samotného Krista. Historický světec Kryštof zemřel mučednickou smrtí v Malé Asii.
Mezi významné nositele tohoto jména v českých dějinách patří Kryštof Harant z Polžic a Bezdružic. Tento spisovatel, hudebník, cestovatel a politik byl aktivním účastníkem povstání českých protestantských stavů. Po bělohorské prohře přišel za svůj protihabsburský postoj o život na Staroměstském náměstí.
Druhým významným nositelem byl Kryštof Dienzenhofer, znamenitý barokní stavitel a architekt. Ten sice pocházel z Bavorska, ale v Praze se usadil a také pro ni vytvořil mnoho velmi hodnotných sakrálních staveb.